Im Oktober 1517 veröffentlichte Martin Luther seine 95 Thesen – und schon ein Jahr später folgte der Lemgoer Stadtsekretär Engelbert Preine Luthers Gedanken und sprach sich gegen den damals üblichen Ablasshandel der katholischen Kirche aus. Im darauffolgenden Jahrzehnt setzte sich der lutherische Glaube unter den Lemgoer Bürgerinnen und Bürgern durch. Schon zu diesem Zeitpunkt führte das bewusste Praktizieren ihres Glaubens zu Spannungen zwischen der Stadt Lemgo und ihrem Landesherrn, der sich der Reformation nicht angeschlossen hatte.
Auch innerhalb der Stadtmauern vollzog sich der Glaubenswandel nicht ohne Spannungen. In der Kirche St. Nicolai findet sich noch heute ein Epitaph für Moritz Piderit. Piderit hatte in St. Nicolai als katholischer Rektor gearbeitet, wurde aber 1528 aus Lemgo vertrieben, weil er zögerte, den lutherischen Glauben anzunehmen. 1532 kehrte er jedoch als evangelischer Pastor nach St. Nicolai zurück, wurde schließlich sogar Superintendent und verblieb dort bis zu seinem Tod.
Die Reformation der Lemgoerinnen und Lemgoer ging auch an den Häusern im Stadtgebiet nicht spurlos vorbei. Viele der Fachwerkhäuser der historischen Innenstadt haben anstatt lateinischen deutsche Inschriften. Ebenso wie die Bibel sollten auch die Inschriften in der Sprache der einfachen Bevölkerung sein. So steht beispielsweise auf dem Haus in der Breiten Straße 59 geschrieben: „Godt weis Hulf undt Radt wen aller Menschen Trost ein Ende hat. Anno Domini 1631.“ Trotz des zum Erbauungszeitpunkt herrschenden 30jährigen Krieges, währenddessen sich Lemgo wie der Rest Lippes abwechselnd unter protestantischer oder katholischer Besetzung fand, hielten die Bauherren also an ihrem Glauben fest.
Erst wenige Jahre vor dem Ausbruch des 30jährigen Krieges war der Konflikt zwischen Lemgo und den lippischen Landesherren auf ein kritisches Ausmaß angewachsen. 1605 wandte sich Simon VI. zur Lippe dem calvinistischen Glauben zu und reformierte seine Grafschaft, die sich seinem Glauben anzupassen hatte. Lemgo widersetzte sich und in den folgenden Jahren kam es zu Ausschreitungen und beinahe sogar zu militärischen Handlungen, bevor im Röhrentruper Rezess von 1617 die Auseinandersetzung am Verhandlungstisch beigelegt wurde: Lemgo verblieb lutherisch und durfte auch die Blutgerichtsbarkeit behalten, was für die Lemgoer Hexenprozesse eine besondere Rolle spielte.
An diese intensiven und grausamen Hexenprozesse erinnert das bekannte Hexenbürgermeisterhaus in der Breiten Straße. Eine Erinnerung an eine hingegen weitaus positivere Folge der Reformationsentwicklung Lemgos ist der Apothekenerker am Lemgoer Rathaus. 1612 gebaut erinnert er daran, dass seit 1533 nicht mehr die Klöster für die Gesundheit der Menschen verantwortlich waren, sondern die Städte. Lemgo hatte daraufhin 1550 die erste und einzige Apotheke des Landes Lippe eingerichtet und am Apothekenerker wurden zehn anerkannte Größen der Medizingeschichte als Figuren dargestellt. Dioscorides, Aristoteles, Rhazes, Galen, Hippocrates, Hermes, Lullius, Geber, Vesalius und Paracelsus schmücken das Gemäuer, was in katholisch geprägten Städten undenkbar gewesen. Andreas Vesalius beispielsweise wurde mit einem abgetrennten Arm dargestellt, weil er entgegen den Verboten der katholischen Kirche Leichen sezierte und so wissenschaftliche Erkenntnisse über den menschlichen Körper gewann. Heute gilt er als Begründer der neuzeitlichen Anatomie.
